Моральна залежність запорозької церкви визнавалася військом лише від київського Межигірського монастиря. Від самого початку свого історичного існування, тобто близько 1576 року, січова церква складала парафію Трехтемирівської київської єпархії монастиря; але потім, після спустошення цього монастиря в епоху польсько-козацьких війн, у тридцятих і шістдесятих роках XVII століття, вона стала вважатися залежною в духовному відношенні від київського Межигірського Спасо-Преображенського монастиря. Але, мабуть, зв’язок цей січової Церкви з Межигірським монастирем був у першому часі нетривалим; принаймні в другій половині XVII століття запорозькі козаки клопоталися про приписку своєї церкви до Києво-Межигірського монастиря. Так, від цього часу до нас дійшло два листи, кошового Івана Сірка й кошового Григорія Іваніки, з приводу знову встановлених стосунків між Межигірською обителлю й січовою церквою.

   Характер церковного будiвництва, управлiння духовною справою i, як наслiдок, церковного устрою Запорозьких Вольностей великою мiрою визначалися особливостями релiгiйностi населення цього регiону. Особливостi складання козацтва, iсторична традицiя, геополiтичнi i природнi умови його iснування призвели до складання своєрiдного свiтогляду запорожцiв, вiдмiнного вiд будь-якого iншого.
   В свiтосприйманнi запорозького козацтва, що формувалось протягом кiлькох столiть, поєднались елементи ортодоксального православ'я, українського розумiння християнства, пережиткiв язицьких вiрувань i оригiнальних релiгiйних поглядiв, що виникли в самому козацькому середовищi. Тому не можна вслiд за iсторичною традицiєю категорично казати про запорожцiв нi як про лицарiв православної вiри, нi як про людей religionis nullius, "єретичих синiв".